巴氏杀菌
纯净水系统巴氏杀菌主要是将储运系统中的纯净水加热到80℃，然后在此温度下循环1~2h，完成对纯净水储运系统的消毒。巴氏杀菌的加热对象为纯净水，无外部介质进入，安全性高。纯净水的用量对加热时间、蒸汽消耗和系统运行安全有很大的影响，所以在加热前需要对储罐的水量进行控制。如果水过多，加热时间和蒸汽消耗会增加，增加运行成本。如果太少，纯化水加热时，容易造成循环泵汽蚀，损坏循环泵密封。巴氏杀菌的加热方式有罐夹套加热和换热器加热。由于罐式加热时间长、温度均匀性差，新建系统多采用换热器加热。巴氏杀菌法主要控制加热后的纯净水的温度，检测方便，准确度高，控制过程简单，消毒效果稳定。因此，巴氏杀菌法是纯净水储运系统中应用最广泛的消毒方法。由于在巴氏杀菌过程中，纯净水是用工业蒸汽加热的，因此在一些没有工业蒸汽的车间中，它的使用受到限制。这个过程需要加热和冷却，需要很长的时间(大约4小时)。
臭氧消毒
臭氧消毒近年来才刚刚开始。臭氧(O3)是一种无色广谱杀菌剂，对细菌、细菌孢子、病毒、真菌等有较强的灭活作用，且在水中溶解度较大，因此在纯净水系统中具有较好的消毒效果。臭氧作为一种强氧化剂，会在一定程度上损害系统中的非金属。如果发生泄漏，将对大气和人体造成损害。臭氧半衰期相对较短，易分解，因此对臭氧发生器及系统中臭氧浓度的检测提出了较高的要求。臭氧发生器(水电解)和检测仪器价格很高,和需要增加的臭氧紫外灯消化系统,增加通风臭氧烟雾断路器,即使在使用车间安装自动阀(臭氧联锁装置,以防止水含有臭氧投入使用,对环境和人体造成危害)，因此投资系统将有更大的提升。目前，我国臭氧产生的主要方法有排放法和水力发电法。其中，排放法产生的臭氧纯度相对较低(带入空气)，会对系统产生一定的影响。主要用于国内一些小型企业。目前，水力发电是国内外比较认可的用于纯净水系统消毒的臭氧生产方法。 Purified water is used as raw material to produce ozone. There is no pollution from outside the system, but the equipment price is relatively high.The penetration rate is not high.
紫外线消毒
紫外线辐射有杀菌作用。但是纯净水系统的使用会受到波长、管道水流速、水质变化、灯功率变化、水温等因素的影响，不能完全替代系统的周期性消毒。作为其他消毒方法的补充，可以延长系统的消毒周期，降低系统的运行成本。目前国内一些系统在紫外线灯后添加过滤器，以保证被杀死的细菌不会流入下游系统，但这种方式会增加细菌在过滤器中繁殖和积累的风险，导致系统水质恶化。因此，在纯净水系统中不宜安装过滤器。
纯蒸汽消毒
纯蒸汽灭菌主要用于高温(121℃)灭活系统中的微生物。杀菌效果好，周期短。但是由于是在高温高压下灭菌(约1.9bar)，系统中的所有设备和仪器都要求耐温耐压。在系统的所有低点，都需要设置陷阱和温度检测设备来保持系统的温度，增加了系统设备的投资。在我国较早的系统中，有的系统会直接进入纯蒸汽，然后在系统末端进行直接排水(纯蒸汽排放口不安装疏水阀)，蒸汽通过系统末端形成所谓的循环蒸汽。该方案在系统的末端和最低点没有检测和控制装置，过程不稳定，安全性差，不符合规范要求。因此，不建议在新系统中使用。
化学消毒
化学消毒主要是指在净化水中加入化学药剂对系统管道进行消毒和清洗。在新系统中，化学消毒时会添加化学药剂，消毒后的清洗过程复杂、昂贵，残留检测麻烦。因此，不作为纯净水系统的常规消毒方法。化学清洗是在系统长期停产或形成微生物膜后对系统进行消毒的一种手段。
